Κατά μία εκδοχή, το όνομα προέρχεται από τα πολλά πηγάδια (φρέατα).
Ο οικισμός είναι πολύ παλαιός, πριν από το 14ο αι. και σιγά σιγά αναπτύχθηκε σε πολλές συνοικίες που πήραν το όνομά τους από την κυρίαρχη οικογένεια που τις δημιούργησε. Ραϊσης-Ραϊσιάνικα, Μαρέντης- Μαρεντιάνικα, Πετρόχειλος-Πετροχειλιάνικα, Κεντρωτής- Κεντρωτιάνικα, Ραφτάκης- Ραφτακιάνικα, ή Καλοκαιρινός-Παντολέος- Παντολιάνικα, Παυλάκης- Παυλακιάνικα, Κασιμάτης-Κασιματιάνικα.
Το 18ο αι. έχουν περί τους 400 κατοίκους μοιρασμένους σε 9 ενορίες. Κατα τον 20ό αι. με την αιμορραγία της μεταναστευσης, εσωτερικής και εξωτερικής, οι συνοικίες των Φρατσίων άδειασαν.
Με τα Φράτσια συνδέεται η οικογένεια Σολωμού, οι πρόγονοι του εθνικού μας ποιητή, που κατά το πέρασμά τους από τα Κύθηρα το 17ο αι. απέκτησαν περιουσία στο χωριό. Ο παπα Άγγελος Σαλαμών, αδελφός του προπάππου του ποιητή έμενε στα Φράτσια, όπου συνέταξε και τη διαθήκη του και ακόμα μέχρι σήμερα υπάρχει κτήμα που ονομάζεται «Σολωμός».
Μετα την ΕΝΩΣΗ τα Φράτσια ήταν ο 3ος Δήμος των Κυθηρων για ενα διαστημα.
Μελετώντας την αρχιτεκτονική στα Φράτσια, ανακαλύπτομε την παμπάλαιη λαϊκή κατοικία, τη μονόχωρη με τα σπεντόνια, τα δοκάρια, τις ακροπλακίες, τον πηλό, με τους βοηθητικούς χώρους, το φουρνόσπιτο, το πατητήρι, το σταύλο. Συναντούμε και νεότερο τύπο κατοικίας, πλατυμέτωπης με δύο δωμάτια, κουζίνα και βοηθητικούς χώρους. Υπάρχουν και πέτρινα σπίτια, έξοχα δείγματα της λαϊκής αρχιτεκτονικής, ανωγοκάτωγα, με λουλουδιέρες, με σκάλες, με βόλτα. Υπάρχουν και αρχοντόσπιτα με όροφο και νοικοκυριά στο ισόγειο. Δύο από αυτά είναι της οικογενείας Στάη και της οικογένειας του ιατροφιλόσοφου Δημητρίου Ραπτάκη που ήταν πάππος του Αττίκ.
Τα Φράτσια ανέδειξαν σπουδαίους επιστήμονες, πολιτικούς και επιχειρηματίες που διέπρεψαν στην Ελλαδα και στο εξωτερικό και βοήθησαν παντοιοτροπως τον τόπο τους.
