Κατά τις δύο πρώτες δεκαετίες του 20ού αιώνα, το Ελληνικό Δημόσιο συντηρούσε Γυμνάσια μόνο στις πρωτεύουσες των νομών. Στις επαρχιακές πόλεις, τα Γυμνάσια λειτουργούσαν χάρη σε κληροδοτήματα και χορηγίες πλουσίων, καθιστώντας την ίδρυση Γυμνασίου στα Κύθηρα πολύ δύσκολη, σχεδόν αδύνατη. Μέχρι το 1920, οι μαθητές των Κυθήρων που ολοκλήρωναν το Δημοτικό Σχολείο φοιτούσαν είτε στη Βιτσαμάνειο Εμπορική Σχολή είτε στα Ελληνικά Σχολεία της Χώρας και του Ποταμού.
Τον Ιούνιο του 1921, ο Πρόεδρος της Κοινότητας Κυθήρων, υπό την καθοδήγηση του Κυθηρίου πολιτικού Σπυρίδωνα Στάη, ο οποίος ήταν τότε Υπουργός Εσωτερικών, υπέβαλε αίτημα στο Υπουργείο Παιδείας για την ίδρυση Γυμνασίου στα Κύθηρα. Αρχικά, το Υπουργείο αντέδρασε αρνητικά, καθώς υπήρχε έλλειψη διδακτικού προσωπικού λόγω των στρατιωτικών επιχειρήσεων και ορισμένες μεγάλες επαρχίες της χώρας διεκδικούσαν επίσης την ίδρυση Γυμνασίων. Ωστόσο, το κύρος του Σπυρίδωνα Στάη και η επιμονή του απέβησαν καταλυτικά. Στις 6 Σεπτεμβρίου 1921, εκδόθηκε Βασιλικό Διάταγμα που προέβλεπε την ίδρυση Γυμνασίου στα Κύθηρα, με τον όρο ότι η Κοινότητα θα παραχωρούσε κτίριο και θα το εξόπλιζε με τα απαραίτητα έπιπλα και όργανα.
Η Κοινότητα παραχώρησε οίκημα, το οποίο σήμερα στεγάζει το Αστυνομικό Τμήμα, ενώ το Βιτσαμάνειο Ίδρυμα προσέφερε θρανία και έπιπλα. Στις 18 Σεπτεμβρίου 1921, έγιναν τα εγκαίνια του Γυμνασίου σε μια αίθουσα του οικήματος. Η λειτουργία του ξεκίνησε με μία τάξη, ενώ τα επόμενα χρόνια προστέθηκαν σταδιακά οι υπόλοιπες. Το 1922 προστέθηκε η δευτέρα τάξη, το 1923 η τρίτη και το 1924 η τέταρτη, ολοκληρώνοντας έτσι το τετρατάξιο Γυμνάσιο.
Το Μάιο του 1925, ο Γυμνασιάρχης Σπύρος Στάθης έλαβε άδεια να συστήσει ερανική επιτροπή για τη συγκέντρωση χρημάτων με στόχο την ανέγερση νέου κτιρίου. Ο Στάθης ταξίδεψε μέχρι την Αμερική και κατάφερε να συγκεντρώσει τα απαραίτητα κεφάλαια. Η νέα αυτή προσπάθεια υποστηρίχθηκε και από μεγάλους ευεργέτες, όπως ο Ευστάθιος Δηλαβέρης και ο Μιχαήλ Σεμιτέκολος. Στις 25 Οκτωβρίου 1931, εγκαινιάστηκε επίσημα το νέο κτίριο του Γυμνασίου Κυθήρων. Παράλληλα, με την εκπαιδευτική μεταρρύθμιση του 1929, το τετρατάξιο Γυμνάσιο μετατράπηκε σε εξατάξιο, ενώ το Ελληνικό Σχολείο της Χώρας καταργήθηκε και το Ελληνικό Σχολείο Ποταμού μετατράπηκε σε Ημιγυμνάσιο.
Λίγο μετά τα εγκαίνια, τον Νοέμβριο του 1931, η κυβέρνηση αποφάσισε την κατάργηση του Γυμνασίου Κυθήρων, μαζί με άλλα 40 Γυμνάσια της χώρας. Ωστόσο, ο κυθηραϊκός λαός αντέδρασε με δυναμικά συλλαλητήρια, καταφέρνοντας να ακυρώσει την απόφαση και να διατηρήσει το Γυμνάσιο.
Το Σεπτέμβριο του 1944, λίγο πριν την αποχώρηση των γερμανικών στρατευμάτων, το κτίριο του Γυμνασίου υπέστη σοβαρές ζημιές από βομβαρδισμό. Οι ζημιές αποκαταστάθηκαν σταδιακά, ενώ τα μαθήματα προσωρινά διεξάγονταν στο κτίριο που σήμερα στεγάζει την Εθνική Τράπεζα.
Με την εκπαιδευτική αναδιάρθρωση που καθιέρωσε τριετές Γυμνάσιο και τριετές Λύκειο, το υφιστάμενο κτίριο κρίθηκε ανεπαρκές. Το 1999, προστέθηκε μια νέα πτέρυγα με επιπλέον αίθουσες και εργαστήρια, η οποία σήμερα στεγάζει το Γυμνάσιο, ενώ το Λύκειο χρησιμοποιεί το παλαιό κτίριο.
Η ιστορία του Γυμνασίου Κυθήρων αποτελεί ζωντανή μαρτυρία της επιμονής και της αφοσίωσης της τοπικής κοινωνίας στην παιδεία, παρά τις δυσκολίες και τις αντιξοότητες.
