Η Ορθόδοξη Εκκλησία ήταν ενωμένη με τους Καθολικούς μέχρι το 1054, οπότε και επήλθε οριστικά ο χωρισμός Της από εκείνους.
Οι βασικές δογματικές διαφορές είναι οι εξής:
1) Στο Σύμβολο της Πίστεως (“Πιστεύω”), οι Καθολικοί έχουν την φράση «και εκ του Υιού εκπορευόμενο» , διδασκαλία που δεν υπάρχει στο Ευαγγέλιο. Αντιθέτως, ο Ιησούς Χριστός, λέει καθαρά ότι το Άγιο Πνεύμα παρά τους Πατρός εκπορεύεται ,γεγονός που ανεγνώρισαν και επικύρωσαν η Πρώτη και η Δεύτερη Οικουμενική Σύνοδος.
2) Οι Καθολικοί υποστηρίζουν πως ο Πάπας έχει το αλάθητο! Η Αίρεση των Καθολικών, το 1870, κατά την πρώτη Βατικάνιο Σύνοδο, ανεγνώρισε το αλάθητο. Δηλαδή, πως όταν μιλάει ο εκάστοτε Πάπας περί πίστεως από καθέδρας, είναι αλάνθαστος!
Αυτή όμως η ιδέα, ότι ο εκάστοτε Πάπας δεν κάνει λάθη, είναι αντίθετη προς την Αγία Γραφή και την Αποστολική Παράδοση, διότι σημαίνει Απόλυτη Θεοπνευστία. Στην Ορθοδοξία οι Απόλυτα Θεόπνευστοι και συνεπώς αλάθητοι, ήσαν μόνο οι Άγιοι Απόστολοι, οι οποίοι φωτίστηκαν ιδιαιτέρως από το Άγιο Πνεύμα, και είπαν και έγραψαν αυτά που είδαν και άκουσαν.
3) Οι Καθολικοί επέβαλαν στους κληρικούς τους την υποχρεωτική αγαμία. Σύμφωνα με την Καινή Διαθήκη και ολόκληρη την Ιερά Εκκλησιαστική Παράδοση, ο κληρικός είναι ελεύθερος να διαλέξει μεταξύ γάμου και αγαμίας.
4) Οι καθολικοί διδάσκουν ότι υπάρχει το καθαρτήριο πυρ, γεγονός που δεν αναφέρεται πουθενά, ούτε στην Αγία Γραφή, ούτε και στην Ιερά Εκκλησιαστική Παράδοση. Δηλαδή, ότι οι ψυχές μετά τον θάνατο, καθαρίζονται από κηλίδες αμαρτιών, που δεν είχαν καθαριστεί όταν ζούσαν με το σώμα στη Γη.
Από την άλλη, η Καινή Διαθήκη διδάσκει , πως ο Κύριος Ιησούς Χριστός με την σταυρική Του θυσία , δίνει την άφεση των αμαρτιών για όσο είμαστε στη γη και εξομολογούμαστε .Και ακόμα, πως όταν φύγουμε από την ζωή αυτή, δεν θα υπάρξει καμία κάθαρση των ψυχών μας, παρά μονάχα η Κρίση τους από τον Κύριο.
5) Διδάσκουν τα περί αξιομισθίας των Αγίων κάτι που δεν αναφέρετε ούτε στην Αγία Γραφή, ούτε και στην Ιερά Εκκλησιαστική Παράδοση. Αξιομισθία των Αγίων σημαίνει, πως τα καλά έργα της Θεοτόκου και των Αγίων, είναι περισσότερα από όσα χρειάζονται για να σωθούν αυτοί, και επομένως περισσεύουν και για τους άλλους ανθρώπους, που δεν έχουν τέτοια έργα. Τα καλά λοιπόν έργα που περισσεύουν από τους Αγίους, ο Πάπας τα διαθέτει για την συγχώρηση αμαρτιών άλλων ανθρώπων, που υστέρησαν σε έργα αρετής ή πέθαναν αμαρτάνοντες.
Αντιθέτως, στην Ορθόδοξη Εκκλησία διδάσκουν πως η κάθε ψυχή, θα κριθεί σύμφωνα με τις πράξεις της και μόνο, δηλαδή, πως ο Θεός θα κρίνει τον καθένα, σύμφωνα με τα έργα του και μόνο.
6)Οι καθολικοί διδάσκουν ότι η Θεοτόκος γεννήθηκε χωρίς το προπατορικό αμάρτημα (με τη λεγόμενη «άσπιλη σύλληψη»), ενώ η Ορθόδοξη ότι το Άγιο Πνεύμα την καθάρισε από κάθε μολυσμό της προπατορικής αμαρτίας.
7) Οι καθολικοι πιστεύουν ότι η Θεοτόκος (Μαριολατρεία) ανελήφθη όπως ο Χριστός στους Ουρανούς με Σώμα άφθαρτο και πνευματικό και την λατρεύουν σαν θεά. Ενώ οι ορθόδοξοι πιστεύουν οτι η Παναγία δεν αναστήθηκε λαμβάνοντας σώμα άφθαρτο και πνευματικό (όπως μόνο ο Κύριός έλαβε κατά την Ανάστασή Του), δεν έλαβε δηλαδή το σώμα που θα λάβουν όλοι οι άνθρωποι όταν θα γίνει η καθολική ανάσταση των νεκρών (κατά την Ημέρα της Δευτέρας Παρουσίας).
8) Οι Καθολικοί έχουν διαφορά και στα Ιερά Μυστήρια της Ορθόδοξης Εκκλησίας . Δεν βαπτίζουν όπως οι Ορθόδοξοι , αλλά ραντίζουν. Βαπτίζω σημαίνει βυθίζω, βουτάω εξ ολοκλήρου στο νερό. Αντιθέτως, οι Καθολικοί κατήργησαν την τριπλή κατάδυση και ραντίζουν απλώς και μόνο τον βαπτιζόμενο. Οι Χριστιανοί Ορθόδοξοι ραντίζουν κατ’εξαίρεση το νήπιο, μόνο σε περίπτωση ύψιστης ανάγκης, μόνο δηλαδή όταν κινδυνεύει να πεθάνει αβάπτιστο (οπότε και του κάνουν αεροβάπτισμα), και αργότερα εάν ζήσει κάνουν μόνο το Χρίσμα. Οι Καθολικοί το Χρίσμα το τελούν στα αγόρια στην ηλικία των 14ων ετών και στα κορίτσια στην ηλικία των 12 ετών, ενώ οι Ορθόδοξοι σε νηπιακή ηλικία μαζί με το Βάπτισμα, και κατόπιν τα κοινωνούν.
Όσο για το Μυστήριο της Θείας Ευχαριστίας, οι Καθολικοί χρησιμοποιούν άζυμο άρτο, ενώ κάποια στιγμή μετά από το 1200, έπαψαν να μεταδίδουν στους πιστούς το Σώμα και το Αίμα όπως ε
αλλά μεταδίδουν μόνο αγιασμένο άρτο.
Τέλος, το Ιερό Ευχέλαιο οι Καθολικοί το τελούν μόνο προ του θανάτου ως εφόδιο, ενώ αντιθέτως η Αγία Γραφή διδάσκει πως το Ιερό Ευχέλαιο, τελείται για τους πιστούς προς ίαση όταν αυτοί ασθενούν.